一个由近200名植物科学家组成的国际联盟公布了1100多种植物的转录组测序,这是一个为期9年的研究项目—— One Thousand Plant Transcriptomes Initiative(1KP)。1KP是一个全球性的合作项目,旨在研究植物物种、基因和基因组的多样性,这些多样性跨越了从开花植物和绿藻的祖先开始的超过10亿年的绿色植物历史。该项目由加拿大阿尔伯塔大学教授 Gane Ka-Shu Wong于2018年11月发起。
植物多样性(Nature, 2019)
作为1KP项目的一部分,现已完成了1124种植物的转录组测序及分析工作,研究结果为10亿年的绿色植物进化提供了框架。相关内容以One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants为题发表在Nature上。
地球上绿色植物(viridiplanate)约有45~50万种,这些植物具有丰富的多样性和高度的进化时间尺度,并在陆地和水生生态系统中具有重要作用。该研究对1124种广义上的植物进行了转录组测序。这些植物在选择上具有代表性,包括绿色植物、共生藻和红藻。研究结果为绿色植物的进化提供了一个强有力的系统基因组框架。
该研究揭示了全基因组复制的时间,以及基因家族的起源、扩张和收缩,有助于推动绿藻、苔藓、蕨类植物、针叶树、开花植物和其它绿色植物谱系的进化。植物如何以及在何时开始长高、结出种子、花朵和果实的历史,为理解地球上植物多样性提供了一个框架。值得注意的是,该研究发现,在绿色植物、陆地植物和维管植物起源之前,基因家族就有了大范围扩展,而全基因组复制则是在开花植物和蕨类植物的进化过程中反复发生。
The distribution of inferred ancient WGDs across lineages of green plants.
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